Nekvalitatīvos kondicionieros un nepareizi uzstādītās ventilācijas šahtās pastāv iespēja rasties baktēriju un infekciju perēkļiem, kas var nelabvēlīgi ietekmēt cilvēka veselību. Viena no šādām bīstamām infekcijām ir legionellas.
Jaunās paaudzes kondicionieros ir speciāli filtri un pašattīrīšanās funkcijas, kas nepieļauj šādus riskus. Gluži otrādi, gaisa kondicionēšana ir ļoti vēlama astmas un citu elpceļu slimību gadījumos un pozitīvi ietekmē cilvēka veselību ilgtermiņā, nodrošinot telpu gaisu ar pietiekamu daudzumu skābekļa, kā arī sirds slimniekiem atvieglojot pašsajūtu gada karstākajā periodā.
